Nieuwe startdatum en eerste deelnemer voor Genomics X PRIZE

Mededinger. Jonathan Torberg, CEO van Ion Torrent, hoopt dat zijn bedrijf de Genomics X-PRIJS kan claimen.

Ion Torrent

Een relatieve nieuwkomer in de wereld van het genoomsequencing heeft zijn handschoen neergegooid om anderen uit te dagen om 100 menselijke genomen te sequentieel voor $ 1000 elk gedurende een periode van een maand. Ion Torrent heeft vandaag aangekondigd dat het zal concurreren voor de $ 10 miljoen Archon Genomics X PRIJS, die voor het eerst werd opgezet in 2006 en in oktober werd herzien. De huidige regels verlagen de kosten per toegestane sequentie, verlengen de tijd voor sequencing en stellen vast dat de 100 geanalyseerde genomen behoren tot mensen van 100 jaar of ouder.

In oktober 2011 hadden X PRIZE-organisatoren gezegd dat de wedstrijd in januari 2013 zou beginnen, maar ze kregen pushback van potentiële kandidaten, die zeiden dat er meer tijd nodig was om de technologieën op snelheid te brengen en kosten in lijn te brengen om de uitdaging, zegt X PRIZE Senior Director Grant Campany. Dus nu gaat het pistool af in september 2013.

Hoewel er acht kanshebbers waren voor de X-PRIJS voordat deze werd herzien, is Ion Torrent de eerste die zich onder de nieuwe regels kwalificeert, zegt Campany. In tegenstelling tot andere sequencers op de markt, gebruikt Ion Torrent halfgeleidertechnologie en gebruikt het chemie, niet licht, om het geanalyseerde DNA te lezen. Op dit moment is Ion Torrent van plan om acht machines voor de wedstrijd te gebruiken, en is van plan zijn nieuw geïntroduceerde Ion Proton-model voor de klus te gebruiken. Volgens Jonathan Rothberg, oprichter en CEO van Ion Torrent, kan het Ion Proton een menselijk genoom sequencen in ongeveer 2 uur. Rothberg zegt al dat ze 30-jarigen genomen hebben als een pilootproject.

In de loop van het volgende jaar is het bedrijf van plan om gegevens uit menselijke genomen te gebruiken waarvan de nieuwe machines zijn samengesteld om de statistieken te ontwikkelen die nodig zijn om te evalueren hoe nauwkeurig de gegevens zijn. "Wat er moet gebeuren is het afstemmen van de software en het perfectioneren van de technologie om een ​​genoom van klinische kwaliteit te kunnen maken. We willen in staat zijn om met de [beste] nauwkeurigheid genomen genomen te doen", zegt Rothberg.

De minimumstandaard voor de X PRIZE is één fout in 100.000 honken, maar het doel is één fout in 1 miljoen honken. De genomen moeten 95% compleet zijn, maar bij voorkeur 98% compleet en met genen toewijsbaar aan de chromosomen van elke ouder, zegt Campany.

Andere kanshebbers hebben tot mei 2013 de tijd om zich aan te melden, maar "veel bedrijven richten zich niet op hele genoomsequencing", zegt Campany. Maar toch doen al enkele potentiële spelers mee. Dat omvat Roche's 454 Life Sciences, zegt Campany, die oorspronkelijk had getekend. Life Technologies Corporation, die eigenaar is van Ion Torrent, maar andere lijnen van sequencers heeft, zet zijn weddenschap op Ion Torrent in, zegt Rothberg. Illumina zegt ook dat het niet zal concurreren. Complete Genomics zegt dat het dichter bij de deadline van mei zal beslissen, maar het is nu op wankele grond. "We moeten minstens twee concurrenten hebben", zegt Campany, die hoopvol is dat de verhuizing van Ion Torrent anderen, misschien zelfs grote sequentiëringscentra zoals BGI, zal inspireren om naar de plaat te stappen.