Nieuw S. pneumoniae Genome Gepubliceerd

Onderzoekers hebben het hele genoom van een virulente stam van Streptococcus pneumoniae bepaald, een bacterie die zich gemakkelijk vanuit de keel verplaatst om de longen, het bloed of de hersenen binnen te vallen en elk jaar miljoenen kinderen en ouderen doodt. Het werk moet helpen om doelen te stellen voor betere medicijnen tegen S. pneumoniae, die in toenemende mate resistent worden tegen bestaande therapieën, evenals vaccins.

Een team onder leiding van Claire Fraser en Hervé Tettelin van The Institute for Genomic Research (TIGR) in Rockville, Maryland, begon het sequencing-project in 1996, maar de vooruitgang werd vertraagd door een reeks technische problemen en een splitsing met de oorspronkelijke sponsor van het instituut, Human Genome Sciences uit Rockville, Maryland, die een tijdelijke droogte veroorzaakte. Hoewel TIGR de meeste onbewerkte sequentiegegevens in 1997 beschikbaar heeft gesteld, heeft het team nog een aantal jaren nodig gehad om de sequencing af te ronden en de genen te karakteriseren, een proces dat annotatie wordt genoemd.

Ondertussen waren verschillende bedrijven bezig met het sequencen van andere S. pneumoniae- stammen. Damien McDevitt van GlaxoSmithKline voorspelt dat "er minstens 10 genomen van verschillende bedrijven zijn". Tot dusverre zijn er echter slechts twee openbaar gemaakt. Een team onder leiding van Jose García-Bustos van de divisie moleculaire microbiologie van GlaxoSmithKline in Tres Cantos, Spanje, publiceerde het geannoteerde maar onvolledige genoom van een virulente, antibioticaresistente S. pneumoniae- stam in het juni nummer van Microbial Drug Resistance . Een team van Eli Lilly publiceerde een onvolledig genoom van een breed bestudeerde, niet-virulente laboratoriumstam in 1998, en een completere versie is in druk bij de Journal of Bacteriology .

Het vergelijken van meerdere genomen is van cruciaal belang om S. pneumoniae te stoppen, omdat 92 stammen mensen infecteren - en onderzoekers willen zich hiertegen beschermen. In hun artikel, dat deze week in Science verschijnt, heeft het TIGR-team een ​​stap in die richting gezet door de spanning te vergelijken met de twee onvolledige gepubliceerde versies. Hieruit bleek dat ongeveer 10% van de genen in de virulente TIGR-stam ontbreekt in de andere twee. Dat en sequentie-analyse wezen op verschillende genen die belangrijk kunnen zijn voor infectie.

Daaronder is een groep die codeert voor enzymen die de microbe gebruikt om biologische membranen te verzwakken, waardoor het weefsel kan binnendringen en zich door het lichaam kan verspreiden. De analyse toonde ook aan dat de bacterie erg bedreven lijkt te zijn in het schuiven van zijn genen - een vermogen dat hem kan helpen het immuunsysteem te ontwijken. Deze "spannende kijk" op het S. pneumoniae- genoom biedt "een [nieuw] kijkje in de levensstijl van het organisme", zegt microbioloog Alexander Tomasz van de Rockefeller University in New York City.

Gerelateerde sites

Het Streptococcus pneumoniae Genome Diversity Project
Meer informatie over S. pneumoniae, op een site die wordt ondersteund door vaccinfabrikant Wyeth-Lederle
Lijst van de meer dan 45 microbiële genomen die tot nu toe zijn voltooid, met links naar andere nog in behandeling